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电子束光刻机长时间直写过程中的版图数据时序与束闸开关时序失配，会带来图形端点截断或者拖尾的现象。电子束光刻机属于串行直写设备，系统需要将矢量版图持续拆分为大量曝光单元，数据通路、图形发生器、束闸驱动电路之间存在固有的传输延迟，当书写速度持续拉高、单元曝光时间缩短到纳秒量级时，时序上的偏差就会显现出来。当束闸关闭信号晚于扫描偏转信号到达，电子束会在目标图形边界之外继续释放电荷，形成向外延伸的拖尾；如果束闸提前关断，则图形末端剂量不足，出现端点缺损。这类偏差和电子光学系统本身的束斑质量无关，主要来源于数字信号传输、驱动电路响应延迟、版图分片策略，不同品牌型号电子束光刻机的数据处理架构、束闸器件选型不同，对应的时序偏差阈值也不一样，在大面积拼接版图、细线条阵列、分立纳米点阵列这类结构上更容易观测到，持续累积之后会造成整片衬底上图形端点形态的不一致。